副本系统是每个MMORPG手游PVE体系中必不可少的内容，是玩家升级、赚钱、拿装备的重要途径。《创世纪元》同样也提供了大量副本供玩家挑战，不论是考验实力的单人副本，还是强调配合的团队副本，都是玩家的升级、获取各种稀有材料的圣地。
目前，《创世纪元》开放了金钱、经验、道具三类副本，总数20个场景供玩家体验，20个不同场景的副本随着玩家等级的提升而开放。点击人物头像左侧按钮即可进入副本界面。
在副本界面中，玩家可以通过副本奖励来鉴别副本类型，大体可以分为经验副本、金钱副本、道具副本三大类。
值得留意的是，经验副本中剧情副本是根据剧情和等级的推进来进行的，不可重复。而光明试炼、血战到底等是全天候开放，根据VIP等级不同可挑战的次数也不同。金钱副本同样有挑战次数限制，通关即可获得大量的金币。
道具副本玩法较多，每个副本的内容都不尽相同，比如“上古遗迹“副本，玩家需要在2分钟内开启尽可能多的棺椁来获取更多奖励。在开启棺椁的过程中，会有小僵尸出没阻止玩家。小僵尸实力强大，若不及时清理很容易便被击杀。因此，实力储备也是进行道具副本闯关的关键。除了单人闯关，还有团队冒险的“失落战场”及单人挑战形式的“永恒之路”，这些不同的玩法带来的奖励也有很大的区别。
除了副本奖励，每日完成以上副本还可以获得活跃值，达到不同的活跃值可以领取活跃宝箱，如果时间不够用，也可以通过扫荡来快速实现目标。
总体来说，《创世纪元》中的副本难度相对比较简单，玩家在中前期可以通过副本快速升级、获取材料，从而加快人物成型，加入国战。